حضرت آیت الله حاج شیخ محمد ابراهیم اعرافی (ره) به سال 1290 ه. ش. در خانوادهای مذهبی و علم دوست چشم به جهان گشود. والد ایشان "مرحوم حاج ملاعباس" و جد پدری ایشان"حاج آقا محمد" می باشد. جدمادری ایشان "مرحوم حاج شیخ علی ،فرزند مرحوم آیت الله ملاابوطالب بوده است". آیت الله اعرافی (ره) داماد حضرت آیت الله ملک افضلی اردکانی (ره) - از شاگردان برجسته حضرت آیت الله العظمی بروجردی ره - بوده است.
آیت الله اعرافی ،قرآن ،خط و برخی از مقدمات را نزد جد خود مرحوم حاج شیخ علی می آموزد.از همان آغاز، بااستعداد و هوش سرشارش ،برتری خود را به همگان اثبات و مورد توجه خاص استادان قرار میگیرد.
در اوان بلوغ به حوزه علمیه مشهد که در آن زمان از غنای قابل توجهی برخوردار بوده، کوچ میکند و در جوار مرقد منور حضرت امام رضا به فراگیری ادبیات عرب و دیگر مقدمات نزد ادیب نیشابوری و آیت الله شیخ حبیب الله گلپایگانی و مانند آنان می پردازد.
وی همزمان با ورود حضرت آیت الله العظمی حائری مهرجردی به شهر قم و تأسیس حوزه علمیه قم به آن شهر مهاجرت میکند و در آنجا مستقر می شود. ابتدا دروس سطح را نزد مرحوم آیت الله العظمی نجفی و آیت الله قفقازی وآیت الله قمی و دیگر اساتیدحوزه شروع میکند و سپس در دروس خارج ،فقه و اصول حضرت آیت الله العظمی حایری در فقه و اصول حضرات آیت الله العظمی صدر، آیت الله العظمی سید محمد تقی خوانساری و آیت الله شیخ عباسعلی شاهرودی حضور پیدا میکند و در آن دو علم مکانتی رفیع را حائز میگردد.
از ویژگیهای اخلاقی ایشان میتوان به قناعت و زهد، تواضع و وقار، تعبد و شب زنده داری، عشق به مقام ولایت و اهل بیت ،علاقه به فرزندان پیامبر و ... اشاره کرد.
سرانجام این پیر وزین ،سلمان عصر، ابوذر زمان ،پس از گذراندن یک سلسله مجاهدات و حیاتی علیگونه و با یک دنیا تلاش وجهاد و با تحمل رنج و محنتهای بسیار با قلبی آرام صبح شنبه 28/6/71 ه . ش. روی به نقاب خاک کشید و به ملکوت اعلی پیوست و جمعی را به ماتم و سوگ نشاند.